首先是观念问题。移动商务确实大大提高了工作效率。但是让员工随时随地办公，无处可藏，这对工作狂很有意义，对很多人来说却是不道德的，因此难免会有抵触心理。在开展移动商务过程中遇到的主要阻力是观念的改变。
其次是受到无线移动终端的限制，符合移动商务需求的终端设备普及率还远远不够，目前企业开展移动商务所使用的移动终端主要是笔记本电脑，其次是采用PDA和智能手机。而之所以笔记本电脑成为目前移动商务最主要的移动终端，原因在于，目前移动办公是移动商务最主流的应用，而笔记本电脑在移动办公应用领域有着绝对的优势，相比PDA、智能手机等移动终端，笔记本电脑的运算能力更强、更加普及，稳定性和安全性更佳。
IT投入费用限制也是企业用户对移动商务持谨慎态度的原因。构建一套移动商务系统，不只是软件开发费用，还有终端设备费用、软件许可费用、流量费用、后台系统设备费用等等都要考虑进来，花费不小，企业用户不得不慎重。无线通信速度和资费是目前开展移动商务遭遇的主要阻力。
另外，企业对移动商务应用中的数据安全问题表示疑虑，对开展移动商务后企业信息安全表示担心。企业实施移动商务，面临两种选择，要么重新上一个支持无线应用的数据库，要么利用原有的数据库。前者，无疑会增加企业的建设成本；后者，则使得企业的数据库供应商面临开放数据库的问题，或者公开数据库访问的接口，很多企业对此颇多疑虑。
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